从对基督宗教和在华外国文化、教育事业的态度来看，国民政府基于其强烈的民族主义立场，对于由西方创立并提供资金的宗教机构开始有意识地排除外国人的控制（主要表现在基督新教方面），对由外国人建立并提供资金的教育机构施行更严密的监管

各级公安机关也设立了专门监管地下宗教的机构。这种广泛存在的对宗教的偏见与歧视从来没有得到彻底、系统的清理。