错误终究不可避免，19世纪末，排教运动席卷而来，由义和团点燃的愤怒之火直接燃向外国传教士、外交使团、中国教民和几乎所有的洋人。1905年7月德钦县茨中村天主堂被毁，同年重建。

还记得文主教的主保庆辰圣方济各·沙勿略日，学校请主教及众位神父来参观高班学生演戏，如小达味杀哥肋亚，及义和团教难及低班学生的歌舞。

1900年，中国的义和团愈演愈烈，有一天教友们看到自己的住宅被包围了，教友们都备有自卫的武器，有一位教友对文神父说：神父，拿起这支枪来自卫吧！不，不，你保留自用吧！我来中国不是为杀中国人的。文神父说。

1900年，因北堂位于城墙附近，所以幸免于难，成为北京城唯一未被拆掉的教堂，被义和团围困于堂内的樊国梁主教与3000天主教友安全躲避了62天，才脱离险境。

近的可以追随到清末和民国时代，教会在经历了义和团和非基运动后而开始反省和重视教会本地化。以中国公教传统为例，刚恒毅枢机和雷鸣远神父及一些中外神长曾不遗余力地推动教会本地化。

1900年（清光绪二十六年），南堂被义和团彻底焚毁，1904年（清光绪三十年），用庚子赔款再次重修。新中国成立后，又经过了多次修缮。

两年前，慈禧因听信满族权臣之词，违反国际法原则，放任义和团攻打驻华使馆和教堂，结果被列强占了京城。为实现对洋人的诺言，废除领事裁判权，慈禧宣布改革。

陈列室里的一幅彩色图画，让我们的心情更加沉重，那是中国清末年间义和团正在操练的场面，还有举刀杀人，被杀害的有外国传教士，也有中国教友，地面上流淌着他们的鲜血……遣使会的这一堂课

晚清的教案，如马神甫事件、天津教案、巨野教案、义和团等均是西方国家政府和中国政府之间交涉，罗马教廷的作用反而很小。西方国家借助教案来谋求政治经济利益，这给天主教带来的很大的负面影响。

圣教会在这2015年以来，不同国家，不同时代，连续不断地遭受教难，我国在义和团时期，解放初期，文革时期都受到不同程度的冲击，致命的、坐牢的、游斗的，应有尽有。