等到担任会长以后，认为事关良心问题，遂进一步作了研究；而在理论和实践方法上得出的结论，与前任（利玛窦）的主张完全背道而驰。其它神父们经研究后，则见仁见智，意见分歧。

教宗此处所指的是耶稣会会宪的一则特别会规，规定耶稣会士必须向长上表白他的良心，即他所生活的内心世界，这样做便于长上在派遣给一个人使命时能够更有意识地予以配合。教宗方济各接着说：可是谈耶稣会并不容易。

借助康德的完全义务（perfectduties）与不完全义务（imperfectduties）的区别，这关注都应该是不完全义务（imperfectduties），它属于一种理应普遍善行的原则，一种被主动选择的义务与良心

为此，教宗曾提出：「如果应该有一些事令人不安，困扰我们良心的，应是这样的事实：有那么多弟兄姊妹经历不到与耶稣基督为人所带来的力量、光明和慰藉，没有信仰团体的支持，生活上缺乏意义和目标。

因此，如果国家如此控制所有的教育机构，强迫隶属于自己的权下，使家庭在事实上，或在情势上被迫违反基督徒的良心职责，把自己的子女，送到国家的学校去读书，那是不合理。