1944年，苏联红军重新占领了波罗的海共和国，并把它纳入苏维埃版图。20多万爱沙尼亚人、拉脱维亚人和立陶宛人被驱逐到西伯利亚或被迫逃往国外。

之後，他在圣座国务院担任苏联、波罗的海国家、白俄罗斯、乌克兰、波兰及保加利亚部门负责人，同时也负责与中国、越南、老挝和柬埔寨的关系。

此外，教宗和立陶宛总统也谈到这个波罗的海国家在欧洲联盟中所能扮演的角色，以及这个国家和邻国的关系。　　立陶宛天主教徒为数两百五十万，占全国人口的百分之八十。

上万名波兰人参与了该和平祈祷集会这次的祈祷活动由22个教区的320个教会在4000多个地点举办，其中包括波兰与德国、捷克、斯洛伐克、白俄罗斯、立陶宛以及与俄罗斯的边境，还包括波罗的海海岸。

教宗方济各9月23日主日在立陶宛考纳斯主持了他在波罗的海三国的首台弥撒。教宗的讲道从当天的福音出发（参阅：谷九30-37），阐明基督徒的生活必然充满苦难。

事实上，在古老的俄罗斯，流行的利口酒是在农村亲手酿制的蜂蜜酒；伏特加只是由十八世纪的彼得大帝引入，在征服其领土后由波罗的海进口。

枢机解释道，在这个愿景中，他走访了东欧的白俄罗斯、高加索地区、波罗的海国家，以及乌克兰，而俄罗斯之行正是一个补全画面的时机。

对北欧波罗的海爱沙尼亚的新任大使尤里‧塞连塔，教宗说：“二十世纪最后十年整个东欧所发生的巨大变化，在在显示人与生俱来、不可压制的自由渴望始终临在每个人和每个民族心中；而真正的自由与实践真理、

他又请教宗更深入解释他访问波罗的海国家时，指「马克思主义也有真诚的心」的谈话。　　若望保禄二世向加夫龙斯基解释，他所说的「并非新闻」，因为「教会社会训导经常解释这点」。

最后，教宗在波罗的海三国提到许多基督徒因忠于福音而受到纳粹和共产政权的迫害。